Ein Ratsprotokoll aus dem 17. Jahrhundert belegt, dass es damals bereits einen jüdischen Friedhof in Werne gab. Seit wann die Juden in Werne einen eigenen Begräbnisplatz hatten, geht daraus jedoch nicht hervor.
Der Friedhof sei „auf dem Schüttenwall“ gelegen, so besagt es das Ratsprotokoll. Dieser lag direkt an der Stadtmauer. Heute trägt die Straße den Namen Südmauer.
Der Friedhof wurde im späten 18. Jahrhundert auf heutige Ausmaße erweitert. Die letzte Beisetzung fand 1942 statt. Sara Herz (geb. Blumenthal). Ihr Name wurde auf dem Grabstein fälschlich mit Sofie angegeben. Die Beisetzung geschah in Zeiten der NS-Herrschaft heimlich.
Saras Tochter, Helene Herz, wurde deportiert und vermutlich in Auschwitz ermordet. Ihr Vorname und Geburtsdatum stehen ebenfalls auf dem Grabstein ihrer Mutter.
Heute befinden sich 37 Grabstellen und 35 Grabsteine auf dem Friedhof.