Werner Elsoffer, Ernst Goldberg, Hanns und Kurt Joseph, Ernst Levy, Günther Portje, Ernst Sander, Paul Spitz, Walter Steinberg und Felix Treidel – das waren die jüdischen Schüler, die das Freiherr-vom-Stein-Gymnasium nach 1933 besuchten. Der letzte jüdische Schüler, den die Schule aufnahm, war Günther Portje. Er besuchte ab Ostern 1934 das Freiherr-vom-Stein-Gymnasium.
Selbstverständlich war die Aufnahme neuer Schüler jüdischen Glaubens an Schulen seit 1933 nicht mehr. Das im April 1933 erlassene „Gesetz gegen die Überfüllung deutscher Schulen und Hochschulen“ schrieb vor, dass der Prozentsatz „nichtarischer Schüler“ 1,5% der Schülerschaft nicht überschreiten dürfe. Feststellbare Konsequenzen hatte das Gesetz am Freiherr-vom-Stein-Gymnasium zunächst nicht. Anders an der Lüner Mädchenschule, wo es mehrfach Ablehnungen jüdischer Schülerinnen gab. So gab man dem Lüner Kaufmann Rosenberg 1937 deutlich zu verstehen, dass seine Tochter Ilse nicht auf Aufnahme auf die Höhere Mädchenschule hoffen dürfe.
Bereits vor 1933 gab es antisemitische Vorfälle am Freiherr-vom-Stein-Gymnasium. So berichtete der ehemalige Schüler Axel Stillwell (Seligmann), von einem Studienrat, der ihn – einen Juden – ermahnte, er solle sich „deutsch […] und natürlich ausdrücken“; auch ein Musiklehrer soll ein Antisemit gewesen sein. Doch war der Antisemitismus nicht nur im Lehrerkollegium präsent, sondern auch unter den Schülern. So wurden jüdische Schüler unter anderem nicht bei ihrem Namen gerufen, sondern lediglich Jude genannt. Ernst Levy berichtet von Pöbeleien, denen er ausgesetzt gewesen war, vor allem seitens älterer Schüler.
Es gab aber auch Lehrer, die die neue Ideologie ablehnten. So unter anderem Oberstudiendirektor Theodor Voigt, der auf Grund politischer Überzeugungen seinen Posten für NSDAP-Mitglied Karl Garneus räumen musste. Als der ehemalige Schüler Ernst Sander nach Palästina auswandern wollte, besuchte ihn Theodor Voigt noch einmal im elterlichen Geschäft und wünschte ihm alles Gute.