Heute liegt der jüdische Friedhof von Werne im Zentrum der Stadt. Dies war jedoch nicht immer so. Über Jahrhunderte durften Juden ihre Friedhöfe nicht innerhalb der Stadtmauern errichten. Doch als Werne mit der Zeit über seine Grenzen hinauswuchs, wurde der Friedhof von der Stadt eingerahmt und ist heute ein fester Bestandteil der Innenstadt.
Ein Ratsprotokoll aus dem Jahr 1698 berichtet „Daß auch hiesige vergleitete Judenschaft von altersher ihre Begräbnisse auf besagtem Schüttenwall gehabt und noch haben…“. Die Formulierung lässt vermuten, dass der Friedhof zum damaligen Zeitpunkt schon länger bestand. Der älteste erhaltene Grabstein des Friedhofs datiert auf das Jahr 1702/03. Etwas jünger ist die Erweiterung des Geländes: 1779 wurde für 25 Taler Land zugekauft und der Friedhof wuchs. Damals wohnten 56 Juden in Werne. Und auch zu Beginn des 19. Jahrhunderts wurde der Friedhof nochmals vergrößert.
1940 gab es Pläne, den Friedhof zu verlegen – massiv voran getrieben von Bürgermeister Kraus, einem linientreuen NSDAP-Mitglied. Als Begründung wurden städtebauliche Maßnahmen angeführt. Außerdem wirke der Friedhof im Zuge des Kampfes gegen die Juden „störend“ auf die Bevölkerung, so Kraus. Dazu pachtet die Stadt ein Grundstück der katholischen Gemeinde. Das Friedhofsgrundstück sollte gegen dieses getauscht und dorthin Umbettungen vorgenommen werden. Der Verlegung kam der Krieg zuvor, der Friedhof blieb an seinem angestammten Platz und ist heute ein Zeichen des einst blühenden jüdischen Lebens in Werne.