Die Synagoge war ein schlichter Bau mit einer Holztür und zwei hohen Fenstern.
Während der Reichsogromnacht kam es auch in Werne zu Gewalttaten gegen Juden und jüdische Einrichtungen. Auch gegen die Synagoge wurde massiv gewütet.
Mitglieder der jüdischen Gemeinde wurden dazu gezwungen, auf die Thorarolle zu treten und sie zu bespucken. Albert Heimann jedoch gelang es, die Thorarolle in seinem Haus in Sicherheit zu bringen. Er vermachte sie später einer deutsch-jüdischen Gemeinde in New York.