Seit wann Juden in Lünen wohnten, ist nicht bekannt. 1491 beteiligten sich Juden bei dem verzweifelten Versuch, die Lippebrücke vor der Zerstörung durch Treibeis zu bewahren.
Gesicherte Belege, wann die erste Bestattung auf dem jüdischen Friedhof an der Münsterstraße stattfand, gibt es nicht. Erstmals erwähnt wird er im Jahr 1792. Die Bezeichnung „Judenberg“ rührte von dem kleinen Hügel aus Sand her, auf dem sich der Friedhof befand. Bestattungen auf einem Hügel oder Berg liegen in der jüdischen Begräbnistradition begründet. 1826 wurde der Sandhügel beim Ausbau der Straße nach Werne beschädigt und drohte abzurutschen. Der Aufforderung der Stadt, den Hügel einzuebnen, konnte und wollte die Gemeinde jedoch aus verständlichen Gründen nicht nachkommen. Die Stadt bot den jüdischen Bürgern an, Land zur Erweiterung des Friedhofs zuzukaufen.
1909 erwarb die jüdische Gemeinde ein Grundstück an der Westseite des evangelischen Friedhofs. Dort sollte ein neuer jüdischer Friedhof entstehen. Die Pläne wurden jedoch nie in die Tat umgesetzt.
Die während der Pogromnacht 1938 ermordeten Lüner Juden wurden, da eine Begräbnisstätte in ihrer Heimatstadt nicht mehr existierte, auf dem Dortmunder Hauptfriedhof beigesetzt. 1940 ging das Friedhofsgelände zu einem sehr niedrigen Preis in den Besitz der Stadt Lünen über.
Die heutige Grünfläche, die die Lage des ehemaligen jüdischen Friedhofs markiert, ist auf Grund straßenbaulicher Veränderungen wesentlich kleiner als der ursprüngliche Friedhof. 1987 wurde die Fläche vom Lüner Bildhauer Reinhold Schröder neugestaltet und der Eingang mit einer bronzenen Schranke versehen.